Статтею 131 ПКУ унормовано порядок сплати пені.
Нагадуємо, за визначенням ПКУ, пеня – це сума коштів у вигляді відсотків, нарахована на суми податкових зобов’язань та/або на суми штрафних (фінансових) санкцій, не сплачених у встановлені законодавством строки, а також нарахована в інших випадках та порядку, передбачених цим Кодексом або іншим законодавством, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи;
Нараховані контролюючим органом суми пені самостійно сплачуються платником податків.
При погашенні суми податкового боргу (його частини) кошти, що сплачує такий платник податків, у першу чергу зараховуються в рахунок податкового зобов’язання. У разі повного погашення суми податкового боргу кошти, що сплачує такий платник податків, в наступну чергу зараховуються у рахунок погашення штрафів, в останню чергу зараховуються в рахунок пені.
Якщо платник податків не виконує встановленої цим пунктом черговості платежів або не визначає її у платіжній інструкції (чи визначає з порушенням зазначеного порядку), контролюючий орган самостійно здійснює такий розподіл такої суми у порядку, визначеному цим пунктом.
Суми пені зараховуються до бюджетів, до яких згідно із законом зараховуються відповідні податки.
Нараховані суми пені на користь платника податку виплачуються йому в порядку, передбаченому центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну фінансову політику.